-- Cinco anos se passaram desde que Andross foi destruído pela Star Fox, e o sistema Lylat voltou a ser pacífico de novo. Fox McCloud, líder da Star Fox, estava com 23 anos e estava de férias em Papetoon, junto com Fara Phoenix; Falco Lombardi, também estava curtindo a vida junto com Katt Monroe, em Zoness; Peppy Hare que já estava com 46 anos, passava boa parte de seu tempo no cassino de Corneria, jogando e gastando o dinheiro da Star Fox; Slippy Toad, o mais rebelde da Star Fox, não tinha nada pra fazer e ficava trabalhando para criar novos veículos para a Star Fox; Wolf O’Donnell se juntou a Star Fox e passou pro lado do bem, pois se casou com Jessy McCloud, a irmã mais velha de Fox, e teve um filho de nome Luke O’Donnell McCloud; e o único membro sobrevivente da Star Wolf, Pigma Dengar, resolveu parar de lutar e se dedicou aos negócios, pois ele já traiu a Star Fox uma vez, e se voltasse lá não pegaria bem, os outros dois membros da Star Wolf, Leon Powalsky e Andrew Oikonny, haviam morrido; Leon morreu no buraco negro, enquanto treinava e Andrew, se suicidou, pois seu único parente Andross, foi morto pela Star Fox, e ele não queria ser um membro da equipe que matou seu Tio, então esse era o fim da Star Wolf; O General Pepper estava tranqüilo em seu planeta Corneria, pois todos os problemas no sistema Lylat, haviam sido resolvidos, graças a Star Fox, e Bill Grey, líder do Esquadrão Rusky, fazia uma visita a seu amigo Bear Flame, em Fortuna. Todos os habitantes do sistema Lylat estavam descansando e curtindo a vida, mas será que todos os problemas haviam sido realmente resolvidos? Um belo dia, enquanto Fox ensinava Fara a usar o Land Master uma estranha nave aparece no céu de Papetoon, parecia um Arwing, mas era muito mais equipado e voava a uma surpreendente velocidade, a nave passou por eles, rapidamente, deu uma volta e parou na frente do Land Master de Fox e Fara, de repente sai da nave um jovem lobo, que ninguém nunca havia visto, ele olha para Fox e Fara e diz “Olá, meu nome é Luke”... Antes que ele terminasse de dizer tudo Fox o interrompeu e disse “Você disse que seu nome é Luke, mas esse é o nome de meu sobrinho, como pode ter o mesmo nome se não há registro de outro Luke na lista de habitantes do sistema Lylat?” O jovem lobo então diz a Fox “Isso é porque eu sou seu sobrinho Fox, seu nome é Fox não é? Eu vim do futuro graças a essa máquina do tempo feita por Slippy, para avisar a vocês que daqui a três anos um inimigo muito poderoso virá e vocês não terão chance de vencer se não treinarem muito, e eu estou aqui para avisa-los” Depois de dizer isso o jovem lobo começa a olhar para o céu... Fox e Fara ficam olhando para o lobo, sem saber o que dizer, então o lobo se vira e diz “Fox, eu quero que você não conte que sou Luke, para ninguém, principalmente para minha mãe, Jessy e meu pai, Wolf “ Fox responde “Pode deixar, Luke, seu segredo ficará bem guardado comigo e Fara” Depois o lobo entra na sua nave e vai embora, dizendo que logo ele voltaria. Então Fox e Fara vão até a base das forças especiais de Papetoon, entram em seus Arwings e vão até Corneria avisar ao General Pepper, que o sistema Lylat corre perigo. Depois de contar tudo o que o jovem lobo havia dito á eles sobre o tal inimigo, Pepper decidiu convocar a Star Fox, a Star Vixen, o Esquadrão Rusky e todo o exército de Corneria, para uma reunião na base das forças armadas de Corneria. Na reunião Pepper disse a todos que precisavam unir as forças, porque em breve todo o sistema Lylat poderia ser destruído, ao dizer isso, todos que estavam presentes lá começaram a discutir, e então Vixen McFlash, líder da Star Vixen, perguntou a Pepper “Por que, podemos ser destruídos?” Pepper então diz para Fox, explicar o que estava acontecendo, Fox então diz “Muito bem! Quero que todos saibam que eu e Fara recebemos a visita de um estranho lobo que dizia que veio do futuro para nos avisar que um inimigo muito poderoso virá daqui a três anos e poderá destruir á todos, mas se nós treinarmos muito, talvez podemos vencer esse inimigo”... Depois da reunião, Fox chamou todos seus amigos da Star Fox: Falco Lombardi, Peppy Hare, Slippy Toad, Fara Phoenix e Wolf O’Donnell, para irem até o planeta Venom, (que estava deserto, pois Andross e seus exércitos haviam sido destruídos) para treinarem com seus novos Arwings, que foram melhorados graças a Slippy que inventou algumas novas bugigangas para o Arwing, o deixando mais veloz, mais resistente e com mais poder de fogo, que agora pode lançar até duas bombas simultâneas. Vixen McFlash, chamou as outras integrantes da Star Vixen: Katt Monroe, Jessy McCloud, Feline Montail e Vulpina Rocket, para irem treinar em Titania. Bill Grey e seu esquadrão Rusky, que tem entre suas 45 naves: Bear Flame e Bulldog Pepper (Neto do General Pepper), foram treinar em Katina. Quatro meses depois, enquanto a Star Fox treinava em Macbeth, novamente a máquina do tempo de Luke aparece, ele desse da nave, olha para Fox e diz “Eu disse que voltaria, Fox” Wolf então pergunta a Fox “Ei Fox, quem é esse lobo? Você o conhece?” Fox responde “Sim Wolf, este é o jovem que veio do futuro sobre quem eu falei naquela reunião” Então todos olham para o jovem lobo com um olhar meio desconfiado, e então Falco diz “Tem certeza que podemos confiar nele Fox?” E ele responde “Claro Falco, ele é meu sobri... quer dizer... ele é meu amigo, o conheço á bastante tempo, podemos ter confiança total nele” Falco mais tranqüilo então diz “Certo Fox, mas como é o nome dele?” Antes que Fox pudesse dizer alguma coisa, Luke se aproxima e diz “Desculpe Falco, mas eu não posso dizer meu nome”... Então Falco pergunta “Por que? Você não pode dizer nem de que planeta você é, ou a sua idade?” Luke então diz a Falco “Bem... eu sou de Corneria e tenho 15 anos” nesse momento Fox McCloud recebe um chamado de seu comunicador, era sua irmã, Jessy, que dizia para pelos menos dois deles irem até Titania, porque a Star Vixen precisava de ajuda, pois um inseto gigante havia aparecido lá, e elas não conseguiam derrota-lo. Fox pede para Wolf e Peppy irem, enquanto Fox e o restante continuariam treinando, e assim é feito. Depois deles saírem, o jovem Luke diz aos outros “Acho que agora eu posso dizer a verdade, eu sou Luke O’Donnell McCloud, sou filho de Jessy McCloud e Wolf O’Donnell, e sobrinho de Fox, eu não queria dizer isso antes, para que meu pai não descobrisse” Slippy então pergunta “Por que não queria que Wolf descobrisse?” E Luke responde “É não quero que ele descubra nada, pelo menos por enquanto... Ah! E a propósito Slippy, sabia que foi você quem construiu, no futuro, esta máquina do tempo?” Slippy estava mesmo projetando uma máquina do tempo, mas não havia funcionado, e ele desistiu do projeto. Slippy então começa a pensar, sem saber direito, o que estava acontecendo, e então Luke diz a Fox “Bem Fox, agora eu tenho uma notícia má para informa-los, no futuro, Peppy será contagiado por um vírus mortal que é originário de Venom, o vírus é altamente contagioso, e pode mata-los, muito rapidamente, por hora não há nenhum antídoto contra o vírus, mas em três anos a cura foi encontrada, e eu trouxe uma amostra do antídoto, vocês devem entregar isso ao Peppy somente quando ele descobrir que está contagiado, certo?” Fox pega o antídoto e o guarda, prometendo que só irá entregar o antídoto quando for necessário. Luke vai embora e disse que voltará em três anos para ajudar a lutar contra esse inimigo misterioso, e depois disso, Fox e todos os outros voltaram a treinar, para tentar vencer a grande batalha... Três anos depois, a Star Fox, a Star Vixen, e o Esquadrão Rusky, se reuniram em Corneria novamente, para esperar pelo tal inimigo, enquanto eles esperavam, Luke volta, como havia prometido, e diz que ainda faltava uma semana para o inimigo chegar. Dois dias depois Peppy começa a sentir as conseqüências do vírus que havia contaminado ele, nessa hora Fox lembra do que Luke havia dito a ele, e entrega o antídoto á Peppy, que fica na Great Fox sem poder ajudar os outros a lutar. Então se passam os cinco dias restantes e o céu de Corneria fica escuro, o silêncio toma conta das ruas das cidades e todos os habitantes do planeta, se refugiaram em suas casas. Fox e todos seus amigos se uniram porque agora a batalha era séria, Luke leva todos até o local aonde, segundo ele, o inimigo chegaria, eles esperam e de repente uma nave gigante passa sobre eles e vai em direção a Venom. Fox, Falco, Slippy, Fara e Wolf vão atrás da nave, enquanto os outros ficam esperando em Corneria. A nave começa a atacar Fox e os outros com mísseis, bombas, e naves inimigas. Fox e os outros conseguiram deter os ataques da nave até chegarem em Venom, onde a nave parou de ataca-los e começou a pousar no solo seco e deserto do planeta, depois de pousar a nave volta a atacar Fox e os outros, que começam a lutar contra os inimigos. Fox, sabendo que apenas a Star Fox, não era o suficiente para destruir os Inimigos, chamou os reforços que estavam em Corneria para ajuda-los, enquanto isso Fox e os outros continuaram lutando contra os inimigos até que todos são eliminados, depois eles começam a atirar na nave gigante, mas ela nada sofria, nem mesmo o ataque de bombas pode danifica-la, então todos pousam as naves, e ficam olhando a nave gigante, nesse momento a Star Vixen, o Esquadrão Rusky e Luke, chegaram até o local onde estavam Fox e os outros, eles também pousam as naves e ficam olhando para a nave gigante, que não atacava e não apresentava nenhum tipo de atividade, até que, a nave se abre e de dentro dela sai... Nada mais nada menos que... ANDROSS!!! Ele tinha sobrevivido e agora era Metal Andross! Ele olha para Fox e todos os seus amigos e diz “Ha ha ha!!! Acharam que eu estava morto, mas esse não foi o fim do grande imperador Andross!!! Eu estou vivo e muito disposto a acabar com vocês, insetos!!!” De repente ele vê Wolf no meio de todos e diz “Wolf!!! Seu traidor, como você pode estar do lado deles!!! Seu traidor!!!” Ele pega Wolf e começa a espreme-lo, e depois, o explodiu com um de seus ataques... Fox ficou furioso quando viu que Wolf havia sido morto, e tentou atacar Andross, mas ele foi pego por Andross, que começou a tentar mata-lo como fez com Wolf, mas nessa hora, Jessy, que era namorada de Wolf aparece com seu Arwing e começa a atirar nos olhos de Andross, mas nada acontecia com ele, então Jessy tentou um ultimo ataque: Ela usou a própria nave como arma e se jogou em Andross, explodindo sua nave e se suicidando... Luke ao ver seu pai e sua mãe morrendo, começa a gritar, e então ele entra na Arwing de seu pai e começa a atacar Andross, que enfraqueceu e soltou Fox. Falco e Slippy foram ajudar Fox, que estava muito fraco depois de ser atacado por Andross, eles o levaram para dentro da nave de Katt, pois ela era grande e tinha espaço suficiente para dois, depois Falco também entra na nave, e volta para Corneria para Fox poder se recuperar. Os únicos que ficaram em Venom foram, Slippy, Fara, Vixen, Feline, Vulpina, Katt, Luke e o Esquadrão Rusky, que continuaram a lutar contra Andross, mas estavam em desvantagem, pois Andross era muito forte, e tinha muitos reforços, e pouco a pouco Andross vencia os seus oponentes, ele chegou a destruir 42 das naves do esquadrão Rusky, então todos os outros sobreviventes resolvem fugir, ou seriam todos destruídos, e eles começam a tentar fugir do planeta Venom, mas antes de todos escaparem, Andross consegue pegar Katt e Slippy, que não conseguem escapar e são mortos por Andross... Dois dias depois, de volta á Corneria, Luke vai até o hospital onde Fox estava e faz uma surpreendente revelação, ele diz para Fox que aquele com quem eles lutaram á dois dias atrás, não era o mesmo inimigo que ele viu no futuro, e que Andross havia coincidido de aparecer no mesmo dia e na mesma hora do outro inimigo, que provavelmente esta em outro planeta... Ao ouvir isso Fox, então começa a gritar muito nervoso “Isso quer dizer que as mortes de Jessy, Wolf, Katt, Slippy e de muitos outros, foi em vão!?” E pensa que este poderia ser o fim da Star Fox, e do sistema Lylat. Mais tarde Vixen, Feline e Vulpina são escolhidas pelo General Pepper para uma missão especial: Procurar em todos os planetas do sistema Lylat, o inimigo misterioso que pode destruir todos eles. Algumas semanas depois, Vixen volta a Corneria para informar que algo estranho estava acontecendo em Aquas, pois o planeta estava secando, e havia sinais de que alguém tinha passado por lá. Então Fox, Fara, Luke e Falco vão até Aquas para investigar, chegando lá eles usam o novo Blue Marine, que foi uma das ultimas invenções de Slippy, antes de morrer. O planeta estava sem vida e a água do planeta estava totalmente poluída, exatamente como Luke viu no futuro, então eles começaram a desconfiar que o tal inimigo estava em Aquas e não em Venom... Após procurarem por todos os lados, eles avistam uma base submarina, que não parecia ser uma base do exército de Andross, e havia um desenho de uma raposa com asas na porta, muito similar ao símbolo da Star Fox, mas era da cor preta, diferente do Star Fox que é vermelho. Então eles tentam entrar na base sem que ninguém os veja, então eles dão a volta por trás da base onde havia uma entrada que não estava sendo vigiada, e entram na base, lá dentro, eles passam o Blue Marine para o modo terrestre, para permitir que ele se locomova por terra firme. Dentro da base, havia um arsenal incrível de armamentos e naves, que eram muito parecidas com os Arwings da Star Fox, até tinham os G-Diffusers, que era uma exclusividade da Star Fox e nenhuma outra equipe possuía... Mais á frente eles vêem um submarino e um tanque que pareciam ser cópias do Blue Marine e do Land Master. Então eles começam a pensar, que lugar é aquele, e quem comandava aquele esquadrão que tinha os mesmos veículos da Star Fox? Eles decidem descer do Blue Marine e continuar a missão a pé, e vão andando até chegarem numa porta que estava fechada, eles abrem a porta em vêem uma sala gigante, onde muitos funcionários robôs trabalhavam na construção de uma nave muito grande, que se parecia com a Great Fox, mas como? O único que tinha o projeto da Great Fox, era o pai de Fox, James McCloud, então como é que eles conseguiram fabricar uma cópia idêntica? Enquanto Fox, Fara, Luke e Falco olhavam espantados, todas aquelas naves, um robô se aproximou e os pegou, levando-os até uma sala secreta e os apresentou ao seu líder, que estava de costas. Ele olhou para Fox e seus amigos e disse “Ora quem está aqui... se não é o famoso Fox McCloud e sua equipe, a Star Fox” Ao dizer isso ele se vira, e para espanto de todos, principalmente de Luke, ele era idêntico ao Fox! Então Fox pergunta ao estranho “Quem é você? E por que é igual a mim?” E ele responde “Permitam que eu me apresente, meu nome é, SilverEye, Mooller SilverEye!” Luke interrompe Mooller e diz a Fox “Tio!!! Este é o inimigo que vi no futuro, é ele quem estava destruindo tudo!!!” E então Mooller diz a Luke “Desculpe pequeno lobo, mas eu não pretendo destruir, e sim governar, eu quero ser o rei de todo o sistema Lylat, e ninguém vai me impedir!!!” Fox olha para Luke e fala baixo para ele “É ele? Ele não me parece ser muito perigoso, tem certeza que não se enganou?” Mooller ouve o que Fox diz a Luke e diz “Então você acha que eu não sou forte, não é, JUNIOR, mas eu vou lhe mostrar meus verdadeiros poderes, permita-me” Dizendo isso, ele olha bem fundo nos olhos de Fox, que fica paralisado, depois apenas com um movimento de sua mão, jogou Fox contra a parede... Falco e Fara, ao verem o que Mooller era capaz de fazer, se espantaram, pois ele não parecia ter todo aquele poder... Mais tarde Mooller trancou Luke, Falco e Fara em uma sala, e disse que iria primeiro acabar com Fox e depois ele pensaria no que iria fazer com eles. Ele pegou Fox (que ainda estava paralisado) e o amarrou em uma cadeira, depois com um simples movimento de seus dedos, ele fez Fox voltar ao normal. Mooller então disse para Fox “Acho que primeiro vou ouvir suas ultimas palavras antes de morrer, Junior” Fox então disse “Certo, antes de me matar gostaria que me dissesse, quem é realmente você, O que você é, E o que pretende fazer?” Mooller então decidiu responder as perguntas de Fox “Já que vai morrer mesmo, não me custa nada lhe contar, como você já sabe, meu nome é Mooller SilverEye, eu sou de Corneria, mas só irei nascer daqui a três anos, mas com a ajuda da maquina do tempo de Luke, eu pude voltar a sua época depois de ter me desenvolvido no meu tempo, a minha missão aqui, é apenas ser o mais temido vilão do sistema Lylat, mas para isso terei que me livrar de uns certos obstáculos, como a Star Fox, a Star Vixen, o Esquadrão Rusky, entre outros, depois eu poderei governar este sistema livremente, e farei todos trabalharem para mim, e aumentarei cada vez mais, os meus exércitos” e Fox ainda não satisfeito pergunta “E como foi que construiu estas naves e outros veículos que são iguais aos que eu e meus amigos usamos, e principalmente, como é que você conseguiu o projeto da Great Fox?” Mooller muito sorridente responde “É simples meu caro Junior, no futuro, sua equipe, a Star Fox, não existia mais, e então roubei todos os projetos de seus veículos, para construir, máquinas muito mais poderosas, e o projeto da Great Fox, foi copiado do próprio computador da Great Fox com a ajuda de alguns amigos meus que são Hackers, e então, Junior, satisfeito?” Fox que ainda não estava com todas as dúvidas esclarecidas perguntou “Eu só gostaria de saber se você está sozinho nisso, ou se tem algum ajudante, Mooller” E ele respondeu “Não Junior, eu não estou sozinho, eu posso contar com a ajuda de Geko Powalsky e de Eddie Rabbit, nós formamos a Dark Fox, e o resto você já sabe... Pronto! Já disse tudo agora é hora de você morrer” Antes de Mooller atirar em Fox ele diz “Acho que você fala muito e pensa pouco, Mooller, acho que não percebeu, mas enquanto me contava sua história, eu estava me soltando, e agora eu estou livre, e pronto para lhe derrotar” Mooller ficou muito nervoso por Fox ter o enganado, e começou a correr atrás de dele, que estava fugindo e indo em direção a sala onde estavam seus amigos, para tentar salva-los, nessa hora Mooller chama os seus dois ajudantes Geko (que é primo de Leon) e Eddie, para ajuda-lo. Então os três começam a procurar Fox, que se escondeu para tentar despistar os inimigos, então quando ele se viu fora de perigo, ele correu até a sala onde seus amigos estavam presos, e tentou abrir a porta, mas ela estava trancada e ele não conseguia abri-la, então ele tem uma idéia que é meio arriscada, mas era a única chance de salvar seus amigos, ele tentou cortar a porta com um lazer que havia roubado de Mooller, e felizmente a idéia de Fox deu certo, e ele conseguiu salvar seus amigos. Depois eles correram de volta para o Blue Marine e fugiram. Após voltarem a Corneria muito cansados, Fox, Falco, Fara e Luke, chamaram Bill, Bulldog, Bear, Vixen, Feline e Vulpina, para contar a eles sobre o novo inimigo que ameaçava o sistema Lylat: MOOLLER. Depois de contar tudo que havia acontecido, Fox, Falco, Fara e Luke, resolveram ir até Venom, para derrotar de uma vez por todas, Andross, antes que ele voltasse a dominar o sistema Lylat, e pedem para o restante do grupo irem para Aquas, para ficar de vigia, e não deixassem que nenhum inimigo saísse do planeta. E então a nova Star Fox (Fox, Falco, Fara e Luke) vai até Venom para tentar derrotar Andross, chegando lá, eles vêem Andross construindo sua nova base, mas Luke, que estava lembrando de seus pais que foram mortos por Andross, não agüenta e vai atacar Andross sem pensar duas vezes, primeiro ele atira duas bombas em cada olho de Andross, o deixando cego, depois ele ataca as mãos de Andross, dizendo “Desgraçado! Você matou meu pai e minha mãe, eu nunca vou te perdoar seu monstro, eu vou te matar!!!” e para acabar de vez com Andross, Luke usa a asa de sua nave como lâmina, e passa várias vezes sobre Andross, o cortando em vários pedaços, e ainda não satisfeito, ele toma distancia, e joga quatro bombas nos pedaços de Andross, que explode e é morto para sempre... Depois Luke ainda fez questão de destruir todas as naves e armas do exército de Andross, e depois lançou umas cinco bombas na nave de Andross, que explodiu e causou um enorme estrago... Fox, Falco e Fara, só ficaram olhando de longe vendo Luke destruir tudo, e perceberam que ele poderia ser um ótimo, ajudante na hora de enfrentar Mooller, depois Luke pede para todos deixarem aquele planeta, porque ele iria destruí-lo para que nunca mais alguém o invadisse, e disse que iria morrer junto com aquele planeta, então Falco gritou “Não, não Luke, eu faço isso, você será muito útil para ajudar Fox e Fara, por isso eu vou!” e dizendo isso Falco lançou todas as bombas que possuía num vulcão do planeta que explodiu e destruiu o planeta. Fox, Fara e Luke foram os únicos que sobreviveram e voltaram para Corneria, com um amigo a menos... Uma semana depois, houve em Corneria, uma cerimônia de homenagem a: Wolf, Jessy, Katt, Slippy, Falco e outros 42 membros do Esquadrão Rusky, que morreram tragicamente, tentando salvar, o sistema Lylat. Fox, Fara e Luke decidem ir até Aquas, onde Vixen, Feline, Vulpina, Bill, Bulldog e Bear continuavam lutando contra as forças da Dark Fox, a equipe de Mooller. Antes o três vão até a base de Corneria para usarem pela primeira vez a nova Great Fox, que agora, além de mais resistente, mais forte e mais rápida, estava sendo pilotada por ROB128, uma versão melhorada de ROB64. Chegando em Aquas eles vêem Vixen, Bill e os outros lutando contra os inimigos, e vão ajuda-los e começam, finalmente a batalha contra Mooller e a Dark Fox. Depois de destruir todos inimigos da superfície, era hora de entrar na base de Mooller e destruí-lo para que todos os problemas do sistema Lylat sejam, finalmente resolvidos. Todos entram na Great Fox, e saem cada um com seu Blue Marine, para poder entrar na base de Mooller, depois de entrarem, eles começam a destruir tudo lá dentro, para chamar a atenção de Mooller, e logo ele aparece com seu clone de Blue Marine, e logo em seguida aparecem seus ajudantes, Geko e Eddie, então começam a batalhar no fundo do mar, no meio da batalha os submarinos de Bulldog e Bear são destruídos e eles morrem afogados no fundo do mar, depois Geko e Eddie cercam os submarinos de Feline, Vulpina e Vixen, e jogam torpedos, mas erram o ataque e Vixen revida com um outro torpedo que atinge Eddie e faz seu submarino explodir no mar, depois elas vão atrás de Geko, mas ele era meio maluco e apertou o botão de autodestruição, fazendo não só o submarino dele explodir, mas também os de Vulpina e Feline que tentam escapar, mas não sobrevivem ao impacto da explosão, enquanto isso, Fox e Mooller continuavam lutando, mas quando Mooller percebe que está em desvantagem, decide tentar voltar a sua base, para tentar usar a sua nova arma, que se chamava Dark Great Fox, e era o clone da Great Fox, e então ele sai de sua base pilotando a nova arma e vai para a superfície atacar a Great Fox, mas Fara e Vixen não deixaram e tentaram impedi-lo, mas Fara foi destruída por um míssil de Mooller, Fox ficou muito nervoso, pois ele gostava muito de Fara e não iria perdoa-lo, então Fox, Vixen, Luke e Bill voltam a Great Fox e entram em seus Arwings, (menos Vixen e Bill que tinham suas próprias naves), e vão atacar a nave de Mooller, que era superior a Great Fox, então Fox toma uma decisão arriscada, tentar explodir a Dark Great Fox de Mooller com sua própria nave. Enquanto ele pensava em como ataca-lo, Peppy (que já tinha se recuperado) aparece para ajuda-los, então hora Fox pede para Peppy, Vixen e Bill o ajuda-lo, e para que Luke fique esperando lá fora, e eles entram na nave de Mooller e lá dentro eles colocam minas de detonação remota, mas enquanto eles colocavam as minas, Mooller aparece para tentar impedi-los, então ele e Fox começaram a brigar, enquanto Peppy, Vixen e Bill continuaram a colocar as minas. Mas de repente, Mooller consegue pegar o controle de detonação de Fox e apertou o botão, dessa hora toda a nave começou a explodir, e todos começaram a correr, mas enquanto corria, uma viga de ferro cai em cima de Mooller, o prendendo e impedindo ele de fugir, então ele começa a pedir socorro para Fox, mas ele não ligou e disse “Que isso fique bem claro Mooller, você, já matou muitas vidas inocentes que pediram, por favor, de joelhos, e você não os perdoou, agora é a sua vez de morrer Mooller, você vai pagar por todos os crimes que cometeu” e Fox começou a ir embora, mas ele sentiu um peso na consciência, e voltou para ajudar Mooller que depois que estava solto disse a Fox “Como você é tolo, você poderia ter se salvado, e me deixado morrer aqui sozinho, mas você foi ingênuo, e agora quem vai morrer é você” ao ouvir isso Fox, viu o erro que cometeu, sacou a sua arma e deu três tiros em Mooller que caiu, e ficou agonizando no chão, depois, Fox foi procurar seus amigos que ainda não saíram da nave, então ele recebe um chamado de seu comunicador, era o Luke que dizia “Fox sai logo daí! Esta nave esta caindo e vai explodir com você ai dentro, fuja o mais rápido possível” Então Fox percebeu que não havia mais como salvar seus amigos e fugiu deixando Bill, Vixen e Peppy, lá dentro que morreram junto com Mooller quando a gigantesca, nave caiu e explodiu no mar... Esse era o fim de Mooller, um psicopata, que foi destruído, mas para isso Fox, teve que perder todos os seus amigos, e sobraram apenas ele e seu sobrinho Luke... Meses depois Fox, ainda não se conformava que, em só um ano ele perdeu muitos de seus parentes e amigos... Mas infelizmente este era o destino que os esperava, Fox então, teve uma idéia para tentar ressuscitar a todos, e pergunta a Luke se ele ainda possuía a máquina do tempo, pois com ela seria possível voltar á época onde todos ainda estavam vivos, e traze-los de volta a ao presente. Luke concorda e eles vão procurar a maquina do tempo, e a encontram em Papetoon, depois Luke diz que a sua maquina era pequena demais para duas pessoas, então ele diz que teria que ir ao futuro e voltar de novo ao presente com uma nova maquina do tempo que era maior, e poderia trazer todos os outros de uma só vez. Então ele vai embora e Fox ficou o esperando em Papetoon. Depois de algumas horas, finalmente Luke aparece com a nova maquina do tempo, que era bem maior do que a outra, mas tinha um problema, Luke não sabia se aquela maquina era tão segura quanto à outra, pois ele nunca tinha a usada, mas mesmo assim Fox e Luke ficaram confiantes. Então Luke programa a maquina para eles voltarem até o começo do ano, onde todos ainda estavam vivos, eles vão até Corneria e depois de muita conversa com seus amigos, eles conseguem convencer todos a entrarem na maquina do tempo, inclusive o Esquadrão Rusky! Depois de todos entrarem na maquina do tempo, Luke a programa de novo, para que eles voltem ao presente... Agora parece que tudo tinha voltado ao normal, Fox e Luke conseguiram ressuscitar a todos e continuaram a viver tranqüilamente como antes, então Luke diz para Fox e os outros “Acho que já cumpri minha missão aqui, então eu tenho que voltar para a minha época, porque vocês não precisam mais de min, e antes de ir embora eu gostaria de dizer para Wolf e Jessy, que eu sou Luke O’Donnell McCloud, e que sou seu filho, que veio do futuro...” Depois de dizer isso Luke entrou na maquina do tempo e foi embora... Wolf então descobriu porque aquele jovem não queria se identificar antes... Fox e todos os seus amigos decidem então ir até Papetoon para fazer uma pequena celebração, por mais uma vitória da Star Fox... Mas a aventura deles continua, pois no futuro existirão muitos outros inimigos como, Andross e Mooller, e a Star Fox, terá que enfrenta-los, pois o destino do sistema Lylat, depende deles...