Depois de ter sido saqueado, mutilado e abandonado, um dos mais importantes monumentos da arquitetura militar da América Latina teve seu projeto original resgatado pelo Governo do Amapá, em parceria com a Suframa e Ministério da Cultura. A restauração foi inédita no país, porque vai além do que nos foi legado pelos portugueses. Custo: R$ 2,8 milhões. Após 215 anos de existência, o mais importante marco histórico da cidade, a Fortaleza de São José de Macapá, foi pela primeira vez inteiramente restaurada, para que as gerações presentes e futuras conheçam a sua arquitetura original. A restauração foi além do que nos foi legado pelos portugueses: a parte do projeto original não concluída, como estrada coberta, fosso aquático, esplanada, praça d’armas, baluarte e o revelin do norte.

A decisão do governo João Alberto Capiberibe em tocar a obra veio ao encontro das aspirações do povo amapaense, principalmente do movimento “Amigos da Fortaleza”, que há muito vem se mobilizando, neste sentido. Levando por escravos e índios, o monumento é o símbolo da conquista da Amazônia pelos portugueses, para servir de proteção contra os ataques de tropas francesas, espanholas, inglesase holandesas que tentavam penetrar na região através do braço norte do rio Amazonas. A obra nunca foi usada militarmente. Sua imponência evitou que tal acontecesse.Voltada para o rio Amazonas, na parte frontal de Macapá, a Fortaleza de São José (nome do padroeiro da cidade) é tida como o berço da capital amapaense.    

A partir de sua construção, que durou 18 anos, a antiga vila foi sendo povoado. A Secretaria da Infra-estrutura do Governo do Amapá exigiu em edital, a fim assegurar qualidade de serviço e preservar todos os elementos arquitetônicos da planta original, que a firma ganhadora da concorrência tomasse uma série de cuidados quanto à execução da obra, observados durante as demolições, escavações, limpeza e botafora, além de comprovar qualificações específicas e teve permanentemente um responsável técnico no canteiro de obras. Tudo isto para dar segurança à qualidade da restauração. Marco Histórico – Ocupando 84 mil metros quadrados, com 8 metros de altura e tendo ao lado o Complexo Beira-rio, o monumento foi feito com pedras retiradas das cachoeiras do rio Pedreiras. Faz parte de um conjunto de 12 fortificações construídas por militares, ao longo da região amazônica, logo após a ocupação.

É similar às erigidas em Forte Príncipe da Beira e no rio Negro. Sua  construção foi projetada inicialmente em 1740 por Manuel Luiz Alves, da Academia Militar de Lisboa. A construção, entretanto, obedeceu à planta do engenheiro italiano Henrique Antônio Galúcio, que aproveitou a idéia original (um quadrado com quatro baluartes pentagonais nos vértices), acrescentando outros elementos externos, além da concepção em alvenaria de pedra. Cada baluarte foi projetado com a capacidade de 14 canhoneiras. Somando-se com outras 11 situadas no revelin, perfazem o total de 67 canhoneiras, número considerado suficiente para cruzar fogo com o inimigo.

A construção da obra, por determinação do rei de Portugal, Dom José I, ao então governador da Província do Grão Pará, Gomes Ferreira de Andrade, foi iniciada em 29 de junho de 1764, com a elevação do povoado de Macapá à condição de vila. No primeiro semestre de 1771 foram concluídas as obras internas e sua inauguração aconteceu no dia 19 de marco de 1782, dezoito anos depois do lançamento da pedra fundamental do baluarte São Pedro. Segundo o jornalista e historiador Edgar Paula Rodrigues, o preço da obra, mesmo incompleta, ficou em 4 milhões de cruzados portugueses.

A história conta que enquanto D. José I era rei de Portugal e tinha como primeiro ministro o Marquês de Pombal, os trabalhos de elevação da fortaleza andaram a todo vapor. Mas, sua morte, em 1777, encerrou o serviço. Ao assumir o trono sua filha D. Maria I exonera do cargo e persegue, por questões políticas, o Marquês de Pombal, imediatamente deixando de investir na construção sob alegação de onerosidade da Coroa.

Hoje tombada pelo Patrimônio Histórico Nacional, a Fortaleza de São José de Macapá guarda em seu interior a história de centenas de pessoas que ali morreram e foram sepultadas, vítimas principalmente da febre amarela e varíola.

Entre seus espessos paredões de pedra foi enterrado também o corpo do engenheiro Gallúcio, que morreu durante a construção do monumento, fatigado pelo trabalho.

Durante os últimos anos, esse patrimônio, depois de permanecer abandonado por um longo tempo, já serviu de cadeia pública na
época da ditadura militar, de quartel da Guarda Territorial formada a partir da criação do Território Federal do Amapá, em 1943, corporação transformada mais tarde na Política Militar do Estado. A Fortaleza também foi sede, por algum tempo, da União dos Negros do Amapá, da Imprensa Oficial do Estado. Tiro de Guerra do Exército e Museu Territorial.

Mas só em 1979 o Estado do Amapá assume legalmente o monumento através de termo de entrega para fins de preservação, feito pela Delegacia do Serviço do Patrimônio da União. Uma das primeiras providências do Governo do Estado foi a retirada da torre com sinalizador náutico instalado no baluarte Nossa Senhora da Conceição, no início deste século, pela Marinha do Brasil. O farolete de orientação aos navegantes fazia parte, na verdade, de um período de total abandono imposto à Fazenda, logo após a proclamação da República, em 1889, o que permitiu o saque de vários objetos do seu interior, como artefatos de guerra, canhões, etc. Nessa época, ela chegou a abrigar em seu interior um curral de cavalos.