Em Março de 1789, Tiradentes seguia para o Rio de Janeiro, quando encontrou-se no caminho com Joaquim Silverio dos Reis que estava dirigindo-se para Cachoeira do Campo onde iria encontra-se com o Visconde de Barbacena, par denunciar o plano dos Inconfidentes. E deste encontro Tiradentes mais uma vez revelou ao amigo o seu objetivo de ir ao Rio de Janeiro com a missão de procurar aliciar partidários e mercenários para o movimento. No Rio de Janeiro, Tiradentes tratou de alguns doentes e reuniu-se diversas vezes com partidários na casa de Antônio Ribeiro Alves, usando os mais variados argumentos e apelando para o sentimento de camaradagens entre os oficiais para os laços de amizades. No final de Abril, Joaquim Silverio dos Reis chegou ao Rio de Janeiro, enviado pelo Visconde de Barbacena para repetir a denuncia oral que fizera em Cachoeira do Campo no dia 15 de Março e por escrito em 11 de Abril, ao Vice-rei, logo após a chegada de Joaquim Silverio dos Reis ao Rio de Janeiro, Tiradentes descobriu que estava sendo seguido por granadeiros disfarçados e devido aos fatos, Tiradentes resolveu fugir, voltando para Minas Gerais, porém antes de viajar ele foi pessoalmente conversar com o Vice-rei, para saber o motivo de estar sendo seguido, e conforme atitude do Vice-rei, ele saberia se o motivo de estar sendo seguido seria sério ou não; e além disso, receberia a licença para voltar tranqüilamente a Minas Gerais. Mas, por precação, prevendo a possibilidade da negativa da licença, mandou dois escravos para o Rio Piabanha com o objetivo de construir uma canoa para atravessar essa tortuosa via de acesso para as serras de Minas Gerais. O Vice-rei desconversou Tiradentes, elogiando o seu desempenho e relatou que ele era amado no Rio de Janeiro, e que ficasse tranqüilo, porém contin uou seguindo os seus passos pela cidade de maneira mais visível, porem os granadeiros que o seguiam, perderam Tiradentes de vista, por isto o Vice-rei explodiu de raiva e no dia 7 de Maio de 1789 mandou secretamente abrir uma devassa generalizada, ampla e geral. Desesperado Tiradentes se deu conta da situação que se encontrava, pois era bem provável que o Tem. Cel. Francisco de Paula em Minas Gerais, sem a sua presença não teria animo para deflagrar a revolta, pois seus companheiros neste momento estavam dispersos. Luiz Vieira havia se afastado do movimento, com Alvarenga não poderia contar pois ele era muito temeroso e os oficiais mais empenhados no levante, estavam no comando dos Destacamentos da Serra e do Distrito de Diamantino. E ele no Rio de Janeiro, sem ter como passar pelas fronteiras para Minas Gerais, resolveu pedir abrigo para se esconder na csa de Gertrude, porém ela receando que poderia ser denunciada, encaminhou o Alferes Xavier ao seu sobrinho, o padre Inácio Nogueira Lima que o acolheu em uma casa na rua dos Latoeiros pertencente a Domingos Fernandes da Cruz, no entanto em 8 de Maio Tiradentes se encontrou acuado e sem ponto de contato, pediu ao Padre Inácio que fosse procurar alguém par saber como estava a situação, e para isto Tiradentes indicou que procurasse Joaquim Silverio dos Reis, porém do encontro entre os dois, o Padre Inácio desconfiou de Joaquim Silverio e não forneceu a ele, onde Tiradentes estaria escondido, porém Silverio conseguiu com o Padre Manoel de Bessa o endereço do Padre Inácio e com isto prenderam o Padre Inácio, que foi levado ao Vice-rei em 10 de Maio para esclarecer onde se encontrava Tiradentes, inicialmente negou conhece-lo e que não sabia o seu paradeiro, porém devido as violentas torturas recebidas, acabou indicando a casa onde estava o Alferes, que foi cercada por um pelotão comandado pelo Ajudante Francisco Pereira Vidigal. Tiradentes foi preso em um quarto de sótão, escondido atrás da cama com um bacamarte carregado de chumbo e com uma escorva pronta para o disparo. No dia seguinte com a devassa aberta Tiradentes sofreu o primeiro dos onze interrogatórios , quando permaneceu mudo e na negativa quanto ao movimento dos Inconfidentes. Em Minas Gerais, a situação se embaralhava definitivamente em direção a derrota, pois o Padre Manoel Rodrigues da Costa, que já sabia da disposição de Joaquim Silverio dos Reis em delatar a conspiração, desconfiado de sua ida apressada a capital do Vice-Reinado, revelou a sua idéia ao Padre José Lopes de Oliveira e deste a noticia se espalhou por todos e não havia mais nada a fazer, contudo Alvarenga que fora o portador das noticias de Vila Rica aos camaradas de São João del Rei e pelo caráter inflamado e raiando a histeria, ainda se mexia tortuosamente, pois Tomas Gonzaga que já sabia da suspensão da Derrama desde 19 de Março, e sentia a dispersão irremediável dos revoltosos passou a espalhar a informação de que a ocasião para o levante se perdera, por isto deixou-se ficar inativo, Cláudio Manoel e Luiz Vieira estavam fora da revolução desde de Dezembro do ano anterior, porem desejavam que a revolução explodisse, porém devido a sua forma não fariam nada para ela , ativamente entre os lideres da revolução, restava apenas o Padre Carlos Correia de Toledo com animo para fazer o levante, fosse como fosse, por este motivo promoveu algumas reuniões frenéticas em São José del Rei, com o objetivo de iniciar o levante, se não fosse possível por Vila Rica seria executado pelo Serro, e devido a suspensão da Derrama o motivo poderia ser iniciado com o assassinato do Governador e contradenciar Joaquim Silverio dos Reis, e se o plano fracasse todos deveriam negar o movimento, e imediatamente conseguiu cem cavalheiros armados nas proximidades de São José del Rei e mandou um recado pelo Coronel Francisco Antônio de Oliveira Lopes para o Tem. Cel. Francisco de Paula Andrade, ordenado que se juntasse ao Padre Rolim e marchasse para São João del Rei, e recebeu como resposta que ele havia sido o culpado da situação reinante, devido ao seu radicalismo, e que ele Francisco de Paula preferia o processo mais suave, da monarquia constitucional que poderia ser conquistada, sem um único tiro disparado, por isto em 13 de Maio ele fez uma denuncia do plano da inconfidência ao Governador de forma oral e sucinta com óbvio propósito de minimizar a repercussão, e nessa indecisão morria a Inconfidência Mineira.

   No dia 17 de Maio de 1789 Gonzaga e Cláudio Manoel receberam a noticia da prisão de Tiradentes e de Joaquim Silverio dos Reis no Rio de Janeiro por intermédio de um indivíduo desconhecido e devido aos fatos, em 19 de Maio eles procuraram Francisco de Paula e foram para Mariana procurar Luiz Vieira em busca de uma ultima orientação e neste mesmo dia o soldado Antônio Ferreira chegou do Rio de Janeiro trazendo a confirmação das prisões ali efetuadas e que estavam a caminho de Minas Gerais três companhias de infantaria, com as noticias recebidas o Visconde de Barbacena pôde então dar inicio a repressão em Minas Gerais. Para isto, mandou lavrar uma portaria no dia 21 de Maio mandando prender os envolvidos na conjuração, a idéia inicial do Visconde de Barbacena era de prender os lideres e expulsa-los do Brasil, após um pequeno inquérito feito pelo Vice-rei no Rio de Janeiro, porém com a atitude do Vice-rei, mandando abrir uma devassa ampla no Rio de Janeiro com poderes de estender-se a Minas Gerais, o que obrigou a mudar de atitude para defender-se.

No dia 24 de Maio o Capitão Antônio José Dias Coelho seguiu para São João del Rei e São José del Rei para prender Alvarenga e Toledo, e o Tenente Fernando de Vasconcelos Parada seguiu para o Serro Diamantino para prender o Padre Oliveira Rolim e o irlandês Nicolas George Gwerck, todos foram presos e conduzidos para o Rio de Janeiro, algemados com correntes que atavam pés e mãos.

   Algemados com correntes que atavam pés e mãos com exceção de Domingos de Abreu Vieira que ficou preso na cadeia de Vila Rica. Em 8 de Junho o Visconde de Barbacena mandou, a expensas da Câmara de Vila Rica que fosse requisitada a Casa de João Rodrigues de Macedo "Casa dos Contos" para servir de quartel aos esquadrões do Vice-rei e para acomodar os presos com privilégios especiais, e apressadamente no dia 12 de Junho mandou abrir a sua Devassa com base nas denuncias de Joaquim Silverio dos Reis, Basilio de Brito, Malheiro do Lago, Inácio Correia Pamplona, Tem. Cel. Francisco de Paula Freire de Andrade, Francisco Antônio de Oliveira Lopes, Domingos de Abreu Vieira e de Domingos Vidal de Barbosa Laje, a qual queria sem embargo manter segredo e sigilo. A Devassa do Rio de Janeiro tinha como componentes as seguintes pessoas; o Desembargador José Pedro Machado Coelho Torres e o Ouvidor Geral Marcelino Pereira Cleto, como Presidente e Secretario-Escrivão e a de Minas Gerais era composta do Ouvidor Geral de Vila Rica Pedro José de Araújo de Saldanha e o Ouvidor Geral de Sabará José Caetano César Manitti, cujos trabalhos começaram em um ritmo frenético. Principalmente a de Minas Gerais, porque o Vice-rei e o Governador tinham pressa de subjugar a revolta, e o Governador tinha outro interesse especial que era o de conseguir apurar o máximo possível a respeito dos conjurados e cercar sua própria pessoa de inssuspeitabilidade. Em todas as comarcas de Minas Gerais foram afixados editais, mandando que os que tivessem alguma noticia da conspiração que fossem denunciá-las, e por causa dos editais muitas pessoas compareceram como testemunhas e em denuncias escritas lacônicas e evasivas. E o trabalho da Devassa do Rio de Janeiro durante os meses de Maio e Junho de 1789, não tinha conseguido apurar nada de importante devido que o foco principal estar localizado em Minas Gerais e que Tiradentes resistia aos interrogatórios e não revelava nada de importante, e pelo fato de Joaquim Silverio dos Reis o informante do Vice-rei ter sido preso por ele, e usando como sua defesa ia soltando aos poucos as suas informações em troca de alguns favores, e em conseqüência da lentidão da Devassa o Vice-rei ordenou que a Devassa do Rio de Janeiro mudasse para Minas Gerais, para ir buscar in-loco as informações sobre a real extensão da revolta e para isto em 18 de Junho requereu uma licença ao Visconde de Barbacena para continuar os trabalhos da Devassa Carioca no território mineiro. Os membros da Devassa Carioca quando chegaram em Vila Rica, lamentaram uma perda irreparável para o inquérito! Que foi a morte de Cláudio Manoel e notaram a indisposição do Governador em ajudar; pois somente em 22 de Julho e que conseguiram a ordem para que fosse suspensa a Devassa Mineira e que eles pudessem interrogar as dezenas de testemunhas e presos achados em Minas Gerais.

    No inicio de 1790 com a unificação da Devassa no Rio de Janeiro o Vice-rei adoecia gravemente sendo o processo da Devassa levado a frente por Camilo Maria Tonelet seu Ajudante-de-Ordem e no dia 6 de Julho o Vice-rei Luiz de Vasconcelos e Souza foi substituído definitivamente pelo Conde de Resende Dom Luiz José de Castro. Enquanto isto Martinho de Melo e Castro amortecia os primeiros impactos da noticia da Conjuração Mineira, e o medo da Revolução Francesa e com sagacidade e inteligência deixou o primeiro semestre de 1790 correr para em Julho de 1790 acabou por convencer a Rainha Dona Maria I a nomear uma Comissão Suprajudicial e Extraordinária para julgar especialmente a Inconfidência Mineira, com homens criteriosamente escolhido. Em 17 de Julho de 1790 a Carta Régia nomeou a Comissão Especial de Alçada sobre a Inconfidência Mineira que foi composta pelo Desembargador Sebastião Xavier de Vasconcelos Coutinho como Presidente, o Chanceler do Tribunal da Relação do Rio de Janeiro, pelo Desembargador Antônio Dias da Cruz e Silva, agravante e pelo Desembargador Antônio Gomes Ribeiro, agravista que tinham plenos poderes para nomear quantos auxiliares que quisessem dentre quaisquer magistrado do Rio de Janeiro ou de qualquer outra parte, esta comissão tinha como objetivo principal o de julgar efetivamente a conspiração e dar uma demonstração de força, ela tinha metas delineada em forma geral e modo de atuação delimitado por normas especiais que levariam prontas; porém o Ministro de Ultramar ainda tinha outro trunfo a arrancar da Rainha Dona Maria I, que era a Ordem Secreta para minimizar as sentenças, de conhecimento apenas do Presidente da Comissão. A comissão chegou ao Rio de Janeiro em 24 de Dezembro de 1790 e nomeou como Escrivão o Desembargador do Tribunal da Relação do Rio de Janeiro Francisco Luiz Alvares da Rocha e como Auxiliar de Escrivaninha o Intendente de Vila Rica José Caetano Manitti o Chanceler da Alçada recebeu das mãos do Desembargador José Pedro Machado Coelho Torres que era o Presidente da Devassa Unificada em 31 de Janeiro de 1791, o processo que a passou a ser intitulado como Autos Crimes, Juízo da Comissão contra os Réus da Conjuração de Minas Gerais. No ano de 1791 a Comissão de Alçadas especialmente o Chanceler Vasconcelos Coutinho tiveram trabalho, pois a precederam diligências, renovaram interrogatórios, efetuaram prisões de alguns suspeitos que haviam ficado em liberdade e no dia 17 de Agosto o Chanceler Vasconcelos Coutinho comunicou ao Ministro de Ultramar que já tinha elementos suficientes para preparar a acusação dos acusados, trabalho este que durou dois meses pois em 21 de Outubro já havia redigido um relatório e as conclusões e iniciando a discussão interna entre a alçada para a leitura e execução das sentenças, os réus foram intimados da decisão e para isso foi-lhes nomeado um defensor publico dativo o Doutor José de Oliveira Fagundes que era Advogado da Santa Casa de Misericórdia do Rio de Janeiro que teve apenas alguns dias para apresentar a defesa dos réus. Em Janeiro de 1792, a Comissão de Alçada examinou a defesa produzida por Fagundes e começou a deliberar sobre as sentenças e nesse tempo a Rainha Dona Maria I enlouquecia definitivamente, por isto foi substituída pelo seu filho João, como Príncipe Regente que Passou a ser o responsável pelo destino dos réus e no dia 17 de Abril estava pronta a solução final para os réus; a noite os onze acusados foram retirados de suas celas e foram conduzidos à sala do Oratório da Cadeia Publica do Rio de Janeiro para ouvirem a leitura do acórdão, onde passaram a noite ali, acorrentados e deitados aos cantos em evidente terror e às oito horas da manhã do dia 18 de Abril a Comissão de Alçada reuni-se no Tribunal da Relação em sessão extraordinária sob a Presidência do Vice-rei Conde de Resende que iniciou a lavratura do acórdão que terminou os trabalhos às duas horas da madrugada do dia 18 de Abril.

   Sendo que Tiradentes, Freire de Andrade, Alvares Maciel, Alvarenga, Abreu Vieira, Oliveira Lopes e Luiz Vaz ainda deveriam ser esquartejados e ter suas partes expostas e expostas a execração publica e para Amaral Gurgel, Resende Costa e Domingos Vidal seria dada apenas a forca e permitido o sepultamento para Tomas Gonzaga, Vicente Vieira da Mota, José Aires Gomes, João da Costa Rodrigues e Antônio de Oliveira Lopes ganharam degredo perpétuo, João Dias da Mota recebeu dez anos de degredo, Vitorino Veloso além de degredo perpetuo também ganhou a pena adicional de dar três voltas em redor da forca porque era mulato e todos foram declarados infames inclusive seus filhos e netos inclusive Cláudio Manoel que havia morrido, e contra os eclesiásticos nada se leu, porque a sentença contra eles, a Ordem Régia mandara deixar secreta e ser remetida às suas mãos para decidir o que fosse conveniente. O que se passou então na sala do oratório foi tristíssimo, com os réus presos nas correntes e grilhões ouvindo suas sentenças em silêncio e em paciente resignação, e ao final da leitura das penas o Desembargador Francisco Rocha retirou-se e os réus se entregaram ao desespero generalizado, alguns imputavam-se mutuamente suas desgraças pelo excessivo depoimento do outro, trocavam humildes considerações sobre suas antigas idéias revolucionarias, uns se confessavam aos padres e pediram uns aos outros perdão pelos seus atos. Porém Domingos Vidal de Barbosa Laje era o único que se apresentava tranqüilo, pois ouvira do vão da escada onde estivera preso, que os juizes exclamaram seus entusiasmos ao tomarem conhecimento da Ordem Regia Secreta, por isto ele tinha certeza que não seria enforcado. E do lado de fora da cadeia o povo se comprimia para tomar conhecimento do resultado, com um terror universal e um desprazer desconhecido, todos na cidade não podia esconder a opressão que sentiam. De repente o Escrivão da Devassa iniciou a leitura da Ordem Regia Secreta que mandava comutar a pena de morte em degredo perpetuo, com isto houve entre os condenados um inicio de jubilo contido, no final da leitura da ordem, o escrivão leu o acórdão final que estava preparado: Declarava que todos estavam degredados, a exceção do Alferes Joaquim José da Silva Xavier, que seria o único a ser enforcado, nisto aconteceu um alvoroço indizível com os réus explodindo de alegria entoando o Salva Rainha e o terço de Nossa Senhora, com o povo do lado de fora da cadeira dando Vivas!, os soldados receberam ordem de retirarem de todos os réus os grilhões,

   O carrasco capitania entrou na Cadeia Publica do Rio de Janeiro e procurou Tiradentes para vesti-lhe a alva e o capuz e pediu-lhe como de costume, o perdão pelo que iria fazer, Tiradentes respondeu-lhe deixe-me beijar-lhe as mãos e os pés e começou a se despir para vestir a alva e comentou que Nosso Senhor também morreu nu, por meus pecados. Pediu ao padre confessor que lhe falasse do Mistério da Santíssima Trindade e entre oito e nove horas da manhã, começou a caminhada descalço com o camisolão branco e um capuz com as mãos amarradas e segurando um crucifixo ladeado por nove padres e pela tropa do Vice-rei diante dos olhares da população da cidade, com passadas largas foi até o lugar da forca sem afastar os olhos do crucifixo e com as faces abrasadas. A execução foi no Largo da Lampadosa defronte a Igreja da Lampadosa com a tropa formada em forma de triângulo em redor da forca de costa para o patíbulo, a escada para a forca tinha mais de vinte degraus e Tiradentes subiu-os devagar sem tirar os olhos do crucifixo e enquanto o carrasco fazia os preparativos,

Tiradentes pediu-lhe por três vezes que abreviasse tudo aquilo, foi quando guardião do Convento de Santo Antônio Frei José de Jesus Maria do Desterro não se deteve e subiu também ao tablado onde fez ao povo uma fervorosa pregação admoestando a sua curiosidade e incitando-o a implorar a Deus a piedade divina para em seguida começou a recitar o Credo e sendo acompanhado por Tiradentes nas orações. Depois disto o carrasco enforcou Tiradentes e o Frei Raimundo Pennaforte dirigiu uma outra pregação ao povo diante do cadáver do alferes e o comandante da tropa Brigadeiro Pedro Alvares de Andrade leu um discurso citando que os demais réus haviam sido perdoados da morte, exceto aquele malvado e cabeça da rebelião intentada, e ao final os soldados responderam em três vivas acompanhados pelo povo.

   O corpo de Tiradentes foi retirado da forca e colocado numa carreta do exercito e conduzido para a Casa do Trem, onde foi esquartejado, salgado e acondicionado em sacos de couro para serem transportados para os locais onde deveriam ser colocados em exibição e execração publica até que o tempo os consumisse,

   E seus objetos pessoas que ele levara para a cela, foram leiloados em 14 de Junho no Rio de Janeiro, e a sua de caixa de dentista fora arrematada em 4 de Junho de 1792 por Francisco Xavier da Silveira e hoje em dia se encontra no Museu Histórico Nacional.