Alex Krycek

Visto pela primeira vez em Sem Dormir, onde passa a participar de uma investigação que Mulder está fazendo quando os arquivos-x foram fechados. O bem apresentado e bem cuidado agente Krycek a princípio parecia ser uma versão mais jovem e menos cínica do próprio Mulder. Com o passar do tempo, no entanto, ele revelou ser um agente duplo, que trabalha para o Canceroso com a responsabilidade de atrapalhar as tentativas de Mulder no sentido de reabrir os arquivos X. Ele foi cúmplice material do seqüestro de Dana Scully pelo fugitivo Duane Barry, e tentou matar Mulder quando este foi tentar salvá-la. Ele lidera um misterioso grupo dentro da antiga União Soviética, que controla o mortal "óleo negro" e conduz experiências em russos. Krycek caiu nas mãos de sobreviventes destas experiências, e estes amputaram seu braço esquerdo. Depois do capítulo da abdução de Dana, desapareceu, para voltar a mostrar-se em Anasazi, onde matou o pai de Mulder. Agora Mulder sabe perfeitamente com quem Krycek está envolvido. De fato, a única maneira de Scully impedir que Mulder matasse Krycek foi atirando no seu próprio parceiro. Krycek escapou, reaparecendo durante uma malograda tentativa de assassinato contra a agente Scully, que acabou resultando na morte de Melissa, irmã dela. Esse erro resultou em uma tentativa contra a vida de Krycek. Depois de escapar por pouco, Krycek conseguiu fugir do país por dispor de um trunfo valioso: uma fita de áudio digital contendo informações secretas sobre o conhecimento do governo norte-americano a respeito da presença de extraterrestres e seu envolvimento com esses seres. Ele é um impiedoso assassino, não é fiel a ninguém, e sobrevive vendendo seu conhecimento e serviços a quem o pague mais.
 

Senador Richard Mathenson

Alto, distinto e requintado, Senador Richard Mathenson, é a personificação de poder e autoridade. Mulder falou para Scully no primeiro episódio que certos contatos no Congresso é que possibilitaram a ele reabrir os Arquivos X. Este contato é o Senador Richard Mathenson. O Senador parece ser um dos poucos que querem conhecer a verdade. Por isso sempre tenta ajudar Mulder, embora nunca se envolva demais, é um homem que trabalha "por baixo dos panos."
 
 
 

William Mulder

Homem frio, severo e que nunca sorri, e que antigamente trabalhava para o Departamento de Estado .Em Anasazi é revelada outra parte do passado de Bill Mulder, quando descobrimos que ele é um dos antigos amigos do Canceroso, com quem tem até intimidade. O mais velho dos Mulders também parece igualmente preocupado quanto à necessidade de não ser revelado o seu envolvimento em uma experiência secreta do governo, e de que seu filho não seja ferido. O Canceroso lhe garante isso mas, assim mesmo, o velho manda chamar o filho. Quando Mulder chega em casa, o pai está a ponto de revelar o seu papel no caso investigado por Mulder, mas acaba sendo morto por Krycek e Mulder acusado do assassinato do próprio pai. Durante sua fuga, Mulder encontra-se com o Canceroso, que lhe diz que a revelação dos segredos que ele está investigando também significará a exposição do papel que seu pai desempenhou no caso. 
 

Samantha Mulder

A procura pela irmã perdida tornou a grande obcessão na vida de Mulder que decidiu abandonar uma carreira deslumbrante para trabalhar nos obscuros Arquivos X. Samantha Mulder tinha oito anos quando ela desapareceu. O próprio Mulder reprimiu o incidente até o dia que começou a fazer sessões de regressão hipnóticas com Dr. Heitz Werber. Desde aquele dia, ele vem sendo atormentado por alucinações sobre o destino de sua irmã. Em "Duane Barry", um estranho advertiu Mulder que foram vistas freqüentemente crianças em navios estrangeiros que sofrem testes dolorosos ". O aparecimento de uma mulher que diz ser Samantha em "Colônia" e "Jogo" parecia resolver o mistério por fim. Mulder arriscou a vida dele para descobrir a verdade sobre sua irmã, mas no fim a indagação dele levantou mais perguntas que respostas.