Walter S. Skinner

O diretor assistente Walter S. Skinner é supervisor de Fox Mulder e Dana Scully. É ex-fuzileiro naval: severo e exigente. Sua rigorosa insistência na aplicação de técnicas de investigação previstas no manual o colocam freqüentemente em disputa com Mulder, cujos métodos pouco ortodoxos não são aprovados pelo chefe. Skinner recebe freqüentes visitas do misterioso homem conhecido como Canceroso, mas o exato relacionamento entre os dois é, no mínimo, ambíguo. Skinner já  fechou uma vez a seção dos Arquivos X por causa de "ordens de cima", mas quando Dana Scully foi raptada, ele os reabriu, dizendo a Mulder, "Isto é o que eles mais temem" - sem deixar claro o que quer dizer "eles". Nunca está claro de que lado Skinner está, ou de quem ele recebe ordens, mas seus esforços em proteger Mulder e Scully através de canais não-oficias deixa claro que ele está em profundo acordo com seus agentes de idéias liberais e com o trabalho deles. O   relacionamento de Skinner com Mulder é confuso: embora os métodos do agente mais jovem, assim como sua maneira irreverente o irritem, ele tem usado de muitos expedientes para dar apoio a Mulder, mesmo contra a hierarquia do Bureau. Em Por um Fio ele recusou-se a aceitar o pedido de demissão de Mulder, contando a ele uma experiência fora do corpo que tivera durante a época em que havia servido no Vietnã. "Tenho medo de olhar além daquela experiência, agente Mulder. Você... Você não tem. Sua demissão é inaceitável". 
 

Canceroso

Este misterioso personagem tem sido uma força poderosa trabalhando contra a exposição da verdade. Ele representa o poder do governo americano, a necessidade de se esconder indícios ou fatos que "a humanidade não  deve saber, para não causar um desespero global". Ele, sem dúvida, sabe de tudo o que diz  respeito à Verdade que Mulder tanto busca, mas está completamente inacessível. Ele frustra todos os esforços de Mulder e Scully. Criado em orfanatos, ele se alistou ao exército americano e foi chamado para um trabalho secreto. Hoje, ele presta contas a um grupo secreto conhecido como "o Sindicato", que está aparentemente organizando um projeto de colonização alienígena. Além disso, ele não hesita em trair o Sindicato quando precisa.  Desde o momento em que Dana Scully foi escalada pela primeira vez para os Arquivos X, o sinistro homem que fuma cigarros, conhecido com Canceroso, usando seu terno bem passado, tem ficado de olho em Mulder, Scully e nos Arquivos X. Alto, magro, com uma tendência a manter os olhos quase fechados, ele tem contatos com as operações obscuras que prejudicam Mulder em suas investigações, mas não se sabe ao certo se ele os está ajudando ou dificultando seus atos. O sinistro homem que fuma cigarros da marca Morley, daí o seu apelido e o seu verdadeiro nome permanece um mistério. 
 

Sr. X

Decididamente mais sinistro do que o seu predecessor Garganta Profunda, X adora as sombras. Ele raramente aparece com clareza suficiente para ser visto, e quando aparece está tenso, nervoso, paranóico. Desde o começo ele tem dito que não quer acabar como Garganta Profunda, a quem deve uma certa lealdade, mas não o suficiente para arriscar-se a morrer. Em mais de uma ocasião ele tem-se recusado a ajudar Mulder ou Scully. Foi revelado mais tarde, que X trabalhava para o Canceroso, mas fazendo sua própria agenda. Seguindo esta misteriosa agenda em "Talitha Cumi" (O Milagre), X fotografou um encontro entre o Canceroso e a mãe de Mulder. Sem X saber, o Canceroso sabe sobre tais fotos, e prepara uma armadilha para X, para controlar a falha em sua organização. Em "Herrenvolk" (Procura Incessante) esta armadilha dá certo, e a traição de X se revela, que o leva a morrer com um tiro na porta do apto. de Mulder. Em seus últimos momentos, X deixa para Mulder a mensagem "SRSG", quatro iniciais que levam Mulder a uma nova jogadora, Marita Covarrubias. Em que lado ela está, e por que Mulder foi levado até ela? Com sua morte, X deixa mais perguntas do que respostas.
 

Garganta Profunda

A mais influente fonte secreta de Mulder foi apresentada no segundo episódio da série, em que ele aparece repentinamente para avisar o agente do perigo que corre em um caso. Ele repete avisos semelhantes quando aparece outras vezes, ao mesmo tempo em que fornece a Mulder informções que o ajudam em sua investigações. Sempre misterioso, uma vez admitiu ter mentido ao seu protegido. Apresentou-se para salvar o emprego de Mulder em Caçada Sangrenta e, em O Jogo de Gato e Rato, salvou a vida de Mulder ao custo da sua própria. Garganta Profunda, cujo verdadeiro nome e filiação nunca foram revelados, era um homem aparentemente cercado dos dois lados. Embora afirmasse ter uma "posição tão forte" que poderia conseguir poltronas numeradas para Mulder em qualquer estádio de beisebol dos Estados Unidos (um sinal de muito poder), ele também confessava estar colocando sua vida em perigo toda vez que os dois se encontravam. Afirmava que fazia muito tempo que observava Mulder, avaliando suas condições, antes de lhe confiar informações secretas. Enquanto Mulder havia confiado implicitamente nele desde o princípio, Scully tinha suas dúvidas. Foi apenas quando ela se viu forçada a fazer uma aliança com ele para salvar a vida de seu parceiro que ela conseguiu dar-lhe um voto de confiança. Existem algumas pistas sobre o passado de Garganta Profunda. Ele disse que trabalhou para a CIA no Vietnã e que pertencia a uma organização culpada de "atos odiosos contra o homem". Seu objetivo parecia ser a destruição dessa organização, atravez das ações de Mulder e Scully. Ele era capaz de obter documentos altamente secretos e classificados, passando-as a Mulder em espaços de tempo muito curtos. Tinha acesso a algumas excelentes fontes para a desinformação, como a fotografia falsa de um OVNI que mostrou em O Ser do Espaço, produzida para afastar Mulder e Scully de uma investigação "quente", foto essa que era quase tão boa que chegou a enganar um especialista como Mulder.